GCDO (fillimisht quhej Zyra për Ruajtjen e Gjirokastrës – GCO) nisi punën në qytetin e gurtë me një diskutim publik, i cili u zhvillua më 2 qershor 2001, me rastin e 40 vjetorit të shpalljes së Gjirokastrës qytet-muze. Qëllimi ishte të regjistroheshin ndjenjat që qytetarët kishin për qytetin e tyre, rëndësinë historike dhe vlerën e trashëgimisë së tij kulturore. Mbi 200 vetë morën pjesë, duke dhënë mendime të vlefshme.
Ishte i pranishëm edhe përfaqësuesi i UNESCO-sDr Chris Young, gjë që ndihmoi për të siguruar mbështetjen e drejtorit të përgjithshëm të UNESCO-s Z. Koïchiro Matsuura, i cili u bind të vizitonte Gjirokastrën gjatë rrugës nga Tirana për në Butrint. Gjirokastra i bëri atij përshtypje të madhe dhe ai siguroi për mbështetjen e tij për përfshirjen e qytetit në listën e Trashëgimisë Botërore të UNESCO-s. Përfundimisht kërkesa e qytetit u pranua dhe Gjirokastra është sit i Trashëgimisë Botërore të UNESCO-s që nga viti 2005.  
GCDO përzgjodhi ish-muzeun e arsimit (një ndërtesë historike të vendosur mbi një tarracë në pazarin e qytetit, pranë një obelisku) si projektin e parë të saj restaurues. Restaurimi u krye nga një arkitekt dhe restaurues gjirokastritë duke përdorur metoda tradicionale dhe materiale nga zonat rreth e rrotull. Puna nisi në qershor 2002 dhe GCDO vendosi zyrat e saj në ndërtesën e rinovuar në nëntor 2002. Që atëherë GCDO ka financuar dhe bashkëfinancuar shumë projekte restaurimi dhe zhvillimi (shih projektet e GCDO-së).
Më 2006 duke pasqyruar nevojat e Gjirokastrës si sit i Trashëgimisë Botërore dhe kërkesat e zhvillimit të vetë veprimtarisë së saj, zyra mori emrin e ri që mban edhe sot: Organizata për Ruajtjen dhe Zhvillimin e Gjirokastrës – GCDO.